Araştırma Dekanlığı’nın misyonu, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesini uluslararası standartlarda kaliteli eğitim ve öğretim sunan bir kurum olmasının yanı sıra araştırma odaklı bir üniversite haline getirmek, araştırma-geliştirme ekosistemi için yenilikçi bir anlayışla daha kolay ve etkin bir organizasyon oluşturmak, Ar-Ge faaliyetleri ile yenilikçi bilgi ve teknolojiler üretmek ve bu teknolojileri toplumsal katkıya dönüştürmek, ülkemizin refahına ve gelişmesine katkı sağlayacak araştırma-geliştirme projeleri ve işbirliklerinin organizasyonu için rehberlik etmektir.